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增值税税负率差异是指同一企业在不同地区或不同行业的增值税税负率之间的差异。计算增值税税负率差异的方法如下：
1. 计算增值税纳税额
增值税纳税额 = 销售额 × 税率 - 进项税额
其中，销售额是指企业销售商品或提供劳务的收入总额，税率是增值税税率，进项税额是企业购进商品或接受劳务支付的增值税。
2. 计算增值税税负率

增值税税负率 = 增值税纳税额 ÷ 销售额

3. 比较不同地区或不同行业的增值税税负率

将同一企业在不同地区或不同行业的增值税税负率进行比较，得出增值税税负率差异。

例如，某企业在A地区的销售额为100万元，纳税额为10万元，税率为10%；在B地区的销售额为100万元，纳税额为12万元，税率为12%。则该企业在A地区的增值税税负率为10%（10 ÷ 100），在B地区的增值税税负率为12%（12 ÷ 100），增值税税负率差异为2个百分点。