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亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：
在计算土地增值税时，准予扣除的“与转让房地产有关的税金”，是要算出该房产本身应负担的增值税，再以此为基础计算相应的城建税等附加税费。这里计算税金是针对整个项目而言，所以要用整个项目的销售税额减除进项税额，来计算城建税及附加。

虽然进项税在购房当期可以抵扣，但在土地增值税计算里，是从整个项目角度出发，用整体项目的销项税额减去整体项目的进项税额，得到应缴纳的增值税，这个增值税是计算城建税及附加的计税依据，并非重复扣除。

就像本题中，准予扣除的“与转让房地产有关的税金”=[10000÷(1+9%)×9%-660]×(7%+3%+2%)=19.88（万元），就是按此原则计算的。
祝您学习愉快！