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亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：
这种情况是正常的。汇总纳税制度下，总机构统一计算应纳税额，并根据各分支机构的经营情况分摊税款。如果总机构纳税调整后所得全部用于弥补亏损，导致退税，而分支机构未从事相关业务，自然不会分摊退税金额。这是汇总纳税制度设计的正常结果。

2.审核总机构企业所得税汇总纳税申报数据的真实性，可以从以下几个方面入手：
-核对总机构与各分支机构的财务报表是否完整、准确，是否符合会计准则要求。
-检查总机构是否按照规定比例将税款分摊至各分支机构，并确保分摊依据合理。
-审核总机构的纳税调整项目是否真实、合法，如资产减值、费用扣除等是否符合税法规定。
-核对总机构的收入、成本、费用等数据是否与相关合同、发票、银行流水等原始凭证一致。
-检查总机构是否按规定报送了汇总纳税申报资料，包括分支机构的税务登记信息、财务报表等。

3.对于省内跨市的分支机构，虽然无法直接获取其申报和发票数据，但可以通过以下方式解决：
-要求总机构提供分支机构的财务报表、纳税申报表等资料，并进行交叉核对。
-审核总机构是否对分支机构的财务核算进行了统一管理，确保数据的一致性。
-检查总机构是否对分支机构的业务活动进行了有效监督，如合同管理、人员管理等。
-通过总机构的内部审计或第三方审计报告，验证分支机构数据的真实性。
-要求总机构提供分支机构的银行流水、发票等原始凭证，以辅助验证其业务真实性。

4.如果分支机构的数据无法获取并核实其真实性，可以通过以下方式判断汇总纳税申报数据是否真实、准确：
-审核总机构的汇总纳税申报数据是否与分支机构的业务规模、收入水平等相匹配。
-检查总机构是否对分支机构的财务核算进行了有效控制，确保数据的一致性和准确性。
-通过总机构的内部审计或第三方审计报告，验证汇总纳税申报数据的可靠性。
-审核总机构是否按规定报送了分支机构的税务登记信息、财务报表等资料。
-检查总机构是否对分支机构的纳税情况进行定期检查，确保其申报数据的准确性。

5.审核总机构企业所得税退税业务，可以从以下几个方面入手：
-核对总机构的纳税调整后所得是否真实、合法，如资产减值、费用扣除等是否符合税法规定。
-检查总机构的亏损弥补是否符合税法规定，如是否在规定的年限内弥补亏损。
-审核总机构的退税申请是否符合税法规定，如是否提供了完整的退税资料。
-检查总机构的退税金额是否与纳税调整后所得、亏损弥补等情况相符。
-审核总机构的退税申请是否经过了税务机关的审核批准，并确保退税程序的合法性。
祝您学习愉快！