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货代公司将国内段的车辆运输费、报关费、订舱费、码头费全部开成“经纪代理服务*代理国际运费”并且税率为免税是存在问题的。 首先，根据相关规定，国际货物运输代理服务开具免税发票时，应仅针对国际海运费用部分。而国内段的车辆运输费、报关费、订舱费、码头费等，并不属于国际海运费用，因此不应享受免税待遇。这些费用通常应按照国内相关税法规定，开具相应税率的发票。 其次，将不同性质的费用混淆在一起并统一开具为免税发票，可能导致税务合规风险。税务机关在核查时，可能会对这些发票的真实性、合规性产生质疑，进而对企业进行税务稽查。如果企业无法提供合理的解释和证明，可能会面临税务处罚。 此外，使用“供应链管理有限公司”的抬头开出此类发票，也需要确保该公司的经营范围和实际业务相符。如果该公司并不具备提供国际货物运输代理服务的资质，或者其经营范围并不包括所开具发票中的服务项目，那么这种行为可能构成虚开发票，进一步增加税务和法律风险。