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公司销售2013年取得的商品房，没有购房发票但有契税发票，相关税费缴纳如下： 增值税：一般纳税人可选择简易计税，以全部价款和价外费用减去购置原价或作价后的余额为销售额，按5%征收率计算；若选一般计税则以全部价款和价外费用为销售额，按9%税率计算，无发票无法抵扣进项。小规模纳税人以全部价款和价外费用减去购置原价或作价后的余额为销售额，按5%征收率计算。 土地增值税 ：可尝试与税务机关沟通，依据契税发票、合同收据、银行付款记录等资料计算扣除项目金额，部分地区可按基准地价确认扣除金额或按法院、房管部门数据每年加计扣除5%。 企业所得税：销售商品房取得的收入应并入当期收入总额，与公司其他业务一起核算应纳税所得额，按规定申报缴纳。