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对于门窗制造有限公司所出具的合同发票，由于它属于制造类产品销售，因此它应该开具增值税专用发票，税率为17%。在某些特殊情况下，如销售的门窗产品属于节能产品，且由政府授权的节能安装企业安装等，可以申请增值税减征处理，税率可以从17%降低至13%。 此外，运费以及其他费用不算作增值税的计税依据，因此不属于增值税的征收范围。 拓展知识：增值税是指当商品或服务被经营者转让时，须根据法定规定缴纳的税款，是作为增值税支付者必须了解的内容。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》，增值税税率包括普通税率、减按率、零税率和免税。其中，普通税率主要是17%，但有时也会根据不同情况降低至13%。