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应当将留底税退回公户分录如下： 借：应交税费-留底税 贷：银行存款 退回公户留底税是指在缴纳税款时，当应缴税款额大于实缴税款额时，税务机关储存在当期税款中，在当期税款的基础上减除的部分。一般公司税务当期分期付款时，实际缴税额不及应缴税款额时，超出部分留底税收支为借方，而银行存款退回公户为贷方，即应交税费-留底税借，银行存款贷。 有关留底税的内容和计算，可以参考《企业所得税法》及其实施条例。《企业所得税法》规定，“自行计算应缴税款的纳税人，税款实际缴纳不及应缴税款的，应将实际缴纳部分与应缴税款的差额缴纳到当期月次申报的最后一个月或其他期间。”因此，当税款实际缴纳部分小于应缴税款时，纳税人应将税款差额分期缴纳，然后税务机关储存在当期税款中，被称为“留底税”。