土地增值税清算完成后能否“二次清算”

房地产开发企业土地增值税清算时，对于成本费用未取得合法有效凭证，或未支付款项的，一般不允许扣除。清算完成后再取得合法有效凭证或支付款项的，可以进行“二次清算”重新调整税额吗？

《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）、《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）以及《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发〔2009〕91号）等土地增值税清算相关文件都没有提及，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。

实务中，部分税务机关发文明确土地增值税清算完成后，符合条件的可以“二次清算”。如北京、重庆、河北、广西、湖北、山东、青岛、内蒙古、浙江等税务局。没有发文的地方，土地增值税清算后取得合法有效凭证或支付款项的，建议与主管税务机关沟通确认。

一、北京税务

 《北京市地方税务局关于土地增值税清算管理若干问题的通知》（京地税地〔2007〕25号）

五、纳税人在项目完成清算后继续支付并取得合法有效凭证的成本和费用，主管税务机关可根据实际情况重新调整扣除项目金额，但原则上应在项目全部销售完毕时进行调整。

二、重庆税务

《重庆市地方税务局关于土地增值税若干政策执行问题的公告》（重庆市地方税务局公告2014年第9号）

一、房地产项目清算有关规定

（五）查账征收清算后转让房产

2．清算时因未取得合法有效凭证，而未能认定的成本项目（简称未定成本项目），清算后取得合法有效凭证的，应分房产类型归集“后续成本额”，可在计算当期清算后转让房产应纳税额时后续扣除，公式如下：

单位建筑面积成本费用额=清算认定（或上期累计）“单位建筑面积成本费用额”+本期“后续成本额”÷清算可售建筑面积

清算后转让扣除额=单位建筑面积成本费用额×本期转让面积+本期转让房产有关税金及附加

纳税人在清算申报时应对“未定成本项目”进行附加说明，主管税务机关在清算审核时一并核实确认，否则相关成本不予以后续扣除。

三、河北税务

2014年《河北省地方税务局关于对地方税有关业务问题的解答》

七、已竣工项目，但未最终决算，未支付的工程价款，以后取得发票，还允许扣除吗？是否可以在取得合法凭证后进行补充清算？

在土地增值税清算中，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。对个别企业因暂时困难未支付应扣除项目的工程费用的情形，在清算完成后三年内取得合法有效票据的，企业可申请对该项目重新清算。

四、广西税务

《广西壮族自治区地方税务局关于发布<广西壮族自治区房地产开发项目土地增值税管理办法（试行）>的公告》（广西壮族自治区地方税务局公告2018年第1号）

第五十六条 因下列原因，纳税人自收到清算审核结果之日起三年内发现多缴税款的，可以向主管税务机关要求退还，主管税务机关应当自接到纳税人书面退还申请之日起30日内核查,对查实的事项应予以追溯调整，涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。

（一）清算时应取得但未取得合法有效凭证，清算后取得的。

（二）清算时应实际支付但未实际支付的款项，清算后实际支付的。

（三）清算时应分摊但实际未能分摊的共同的成本费用，清算后能够按照受益对象、采用合理的分配方法分摊的。

（四）其他合法合理原因。

五、湖北税务

《国家税务总局湖北省税务局财产和行为税处关于印发<土地增值税征管工作指引(试行)>的通知》（鄂税财行便函〔2021〕9号）

第三十九条 纳税人符合清算条件并进行土地增值税清算后，继续支付并取得合法、有效凭证的支出，可申请二次清算，但必须是所有成本、费用已全部发生完毕。主管税务机关可根据实际情况重新调整扣除项目金额并调整应纳土地增值税税额。二次清算后，纳税人不得再要求进行土地增值税清算。

六、山东税务

《国家税务总局山东省税务局关于发布<国家税务总局山东省税务局土地增值税清算管理办法>的公告》（国家税务总局山东省税务局公告2022年第10号）

第四十二条 房地产开发企业自结算缴纳土地增值税清算税款之日起三年内发生下列情形之一的，可向主管税务机关一次性提出申请，调整清算税额，退还多缴的土地增值税税款：

（一）清算时未取得合法有效凭证而在清算后取得的；

（二）清算时未支付款项而在清算后支付的；

（三）清算时应当分摊但实际未能分摊的共同的成本费用，清算后能够按照受益对象、采用合理的分配方法分摊的

七、青岛税务

    《国家税务总局青岛市税务局关于发布<国家税务总局青岛市税务局房地产开发项目土地增值税清算管理办法>的公告》（国家税务总局青岛市税务局公告2022年第6号）

第三十五条 符合下列情形之一的，开发企业可在收到清算审核结论之日起三年内，申请调整土地增值税清算审核结果：

(一)清算时未取得合法有效凭证而在清算后取得的;

(二)清算时未支付款项而在清算后支付的;

(三)因分期开发，在清算时应分摊的成本费用未能分摊的。

八、内蒙古税务

《国家税务总局内蒙古自治区税务局关于发布<内蒙古自治区土地增值税清算管理办法>的公告》（国家税务总局内蒙古自治区税务局公告2023年第7号）

第四十八条 自主管税务机关送达税务审核结论之日起三年内发生下列情形之一的，纳税人可一次性提出申请，调整清算税额，退还多缴的土地增值税税款： 

（一）清算时未取得合法有效凭证而在清算后取得的；

（二）清算时未支付款项而在清算后支付的；

（三）清算时未能分摊的共同成本费用，清算后能够采用合理方法分摊的。

九、浙江税务

《国家税务总局浙江省税务局关于土地增值税征收管理若干问题的公告》（国家税务总局浙江省税务局公告2024年第2号）

二、清算审核

（三）主管税务机关以纳税人提供的清算资料为依据出具的清算审核结论，原则上不再调整。

1.本公告发布之日起发出清算审核结论通知书的项目，符合下列情形之一的，自清算审核结论通知书送达之日起36个月内，纳税人可以书面申请调整重新计算土地增值税清算税额：一是清算时已支付可扣除款项但未取得合法有效凭证，在清算后取得的；二是清算时未支付可扣除款项，在清算后支付，并已取得合法有效凭证的。

2.纳税人符合上述情形拟申请调整清算税额的，应当在清算审核期间出具专项报告，并报送主管税务机关确认。未经主管税务机关确认的，后续不予受理调整申请。对同一个清算单位申请调整清算税额只允许一次。

3.主管税务机关应自受理纳税人书面申请之日起90日内完成调整审核。调整清算税额时，不得改变原清算单位、征收方式和成本费用分摊方法。

（四）经清算税额调整的项目，其自首次清算审核结束和调整审核结束期间已发生的尾盘申报税额允许同步调整。

（五）上述调整税额涉及补、退税的，按照《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定处理。