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小规模纳税人计算增值税抵扣额的方法如下：
1. 首先，小规模纳税人需要了解自己所购买的商品或服务是否可以抵扣增值税。一般来说，只有与纳税人的生产经营活动直接相关的商品或服务才能够抵扣增值税。例如，购买用于生产的原材料、设备、办公用品等可以抵扣增值税；而购买用于个人消费或者与生产经营无关的商品或服务则不能抵扣增值税。
2. 其次，小规模纳税人需要保留购买商品或服务的发票。增值税抵扣必须依据有效的增值税专用发票或者其他法定的税务发票。
3. 然后，小规模纳税人需要将购买商品或服务的增值税专用发票或税务发票上的抵扣项目进行分类，分为一般项目和专项项目。一般项目包括购买原材料、设备、办公用品等与生产经营直接相关的商品或服务；专项项目包括购买金融、保险、邮政、电信等特定行业的商品或服务。
4. 接下来，小规模纳税人需要根据抵扣项目的分类，按照税率进行计算。一般项目按照适用税率计算抵扣额，专项项目按照专项税率计算抵扣额。
5. 最后，小规模纳税人将各个抵扣项目的抵扣额相加，得到总的增值税抵扣额。

需要注意的是，小规模纳税人的增值税抵扣额不能超过其销售额的3%。如果抵扣额超过了3%，则需要按照规定进行调整。此外，小规模纳税人还需要定期申报并缴纳增值税，同时将抵扣额填写在增值税申报表中。