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亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：

问题1：教育公司是否适用财税〔2004〕39号免税政策

政策核心要件：财税〔2004〕39号中“企业办的各类学校自用的房产、土地”免税，强调房产、土地由学校“自用”，即产权或实际使用主体需与“学校自用”对应。

本案关键：学校是民办非营利性高校，但房产、土地产权在教育公司名下，未转移至学校。税务机关认定“产权主体与政策适用主体（学校）不一致”，因此教育公司不能直接适用该政策享受免税。

结论：按现有产权登记，教育公司不满足“学校自用房产、土地”的形式要件，需推动产权调整（如将产权过户至学校）或争取地方税务机关认可“实质自用”（实务中较难，因政策强调产权/自用主体关联）。

问题2：无租使用协议下的房产税缴纳

政策依据：无租使用其他单位房产的，使用人（学校）为房产税纳税人（财税〔2009〕128号），但需结合“免税单位”身份判断。

本案分析：

教育公司无租给学校使用，若学校属于“免税单位”（问题3分析），则学校自用房产可免房产税；

若学校不满足免税条件，学校作为使用人需按房产余值缴纳房产税。

注意：教育公司是产权人，但无租使用下政策明确“使用人纳税”，所以纳税义务主体是学校（而非教育公司）。

问题3：学校免税身份及土地使用税适用

学校是否为免税单位：

民办非营利性高校，若符合《财政部国家税务总局关于教育税收政策的通知》（财税〔2004〕39号）中“对学校、幼儿园经批准征用的耕地，免征耕地占用税。学校、幼儿园、托儿所自用的房产、土地，免征房产税、城镇土地使用税”的“自用”条件（需产权或实质自用），理论上属于城镇土地使用税免税单位。但问题1中产权在教育公司名下，学校“自用”的形式要件存疑，需结合地方执行口径判断。

是否适用国税地字〔1989〕140号：

国税地字〔1989〕140号规定“免税单位无偿使用纳税单位的土地，免征土地使用税”。若学校被认定为“免税单位”，且无偿使用教育公司（纳税单位，因教育公司名下土地未免税）的土地，则学校无需缴纳土地使用税；但教育公司作为纳税单位，其土地因“无租给免税单位使用”，是否免税需看政策：

教育公司土地用途是科教用地，若自身不满足免税条件（因产权未转移至学校），但土地实际由学校（免税单位）自用，部分地区税务机关可能认可“实质免税”（参照政策精神），但也可能因产权在教育公司名下，要求教育公司缴税（形式重于实质），实务中存在争议。

整体建议

产权过户：推动将房产、土地产权过户至学校名下，直接满足财税〔2004〕39号“学校自用”的形式要件，一揽子解决免税问题。

沟通税务机关：若产权过户困难，整理学校“实质自用”证据（如办学协议、场地使用证明等），与主管税务机关沟通，争取认可“实质重于形式”，适用免税政策。

合同优化：若无租使用导致税务争议，可考虑调整为“租赁协议+财政补贴”模式（如教育公司收取象征性租金，学校申请补贴），清晰划分纳税义务，降低税务风险。

总之，核心矛盾是“产权主体与政策适用主体分离”，解决路径要么调整产权，要么争取税务机关对“实质自用”的认可，同时结合学校免税身份，合理规划房产税、土地使用税的缴纳与免税申请。

祝您学习愉快！