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亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：
是的，增值税是价外税，但在非货币性资产交换或以资产作为对价取得长期股权投资时，增值税需要包含在初始投资成本中。这是因为增值税是交易中实际发生的支出，属于取得投资过程中发生的必要支出。在本题中，甲公司以库存商品和无形资产作为对价取得A公司40%的股权。库存商品和无形资产在转让过程中需要按适用税率计算增值税，这部分增值税是实际支付的对价组成部分，因此需要计入长期股权投资的初始成本中。例如，库存商品的公允价值为1000万元，增值税税率为13%，因此增值税为130万元，计入投资成本。同样，无形资产的公允价值为1300万元，增值税税率为6%，增值税为78万元，也计入投资成本。这些税费是取得投资的必要支出，因此需要包含在长期股权投资的初始成本中。
祝您学习愉快！