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亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：
在计算土地增值税时，土地出让金是否可以扣除，取决于题目中是否明确允许其作为扣除项目。根据土地增值税的相关规定，土地出让金在满足条件的情况下可以作为“取得土地使用权所支付的金额”进行扣除。

在本题中，题目并未明确说明土地出让金可以作为扣除项目，因此在计算土地增值税时，土地出让金5000万元未被扣除。

土地增值税的扣除项目通常包括：
1.取得土地使用权所支付的金额；
2.房地产开发成本；
3.房地产开发费用（按比例扣除）；
4.与转让房地产有关的税金；
5.加计扣除（房地产开发企业可加计扣除20%）。

由于题目未明确允许土地出让金作为扣除项目，因此未将其计入扣除金额。
祝您学习愉快！