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亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：
是的，这部分转股溢价税款需要由香港公司承担，但具体税务处理和是否由北京公司代缴，取决于交易的性质和相关税法规定。

1.香港公司作为非居民企业，转让其持有的北京公司股权，属于在中国境内取得的财产转让所得，需缴纳企业所得税。根据规定，非居民企业转让中国境内企业股权，适用10%的税率，由支付方（即购买方）作为扣缴义务人，从支付的款项中代扣代缴。

2.本次股权转让价格为150万人民币，北京公司合并净资产为149万人民币，存在1万人民币的溢价。该溢价部分即为应纳税所得额，需按10%的税率计算应缴税款，即1000元人民币。

3.香港公司不需要在账务上计提该税款，因为税款由购买方代扣代缴。北京公司不承担该税款的缴纳义务，也不需要代缴。

4.若购买方未履行扣缴义务，香港公司应在股权转让之日起7日内，到北京公司所在地的主管税务机关申报并缴纳企业所得税。

5.此外，该交易可能还涉及印花税，由交易双方按“产权转移书据”税目缴纳，税率为0.05%，由北京公司所在地主管税务机关负责征收。
祝您学习愉快！